Las funciones esenciales de la Secretaría de Prospectiva e Integración Territorial son las siguientes:
- Dirigir la formulación del Plan Departamental de Desarrollo, en coordinación con las diferentes dependencias y entidades del sector central y descentralizado del Departamento, los municipios y las comunidades conforme a las normas vigentes.
 - Realizar el seguimiento y la evaluación de la gestión y los resultados de la Administración Departamental en relación con los planes, programas y proyectos aprobados, así como con las competencias y responsabilidades de las instancias encargadas de su ejecución.
 - Elaborar el Plan Operativo Anual de Inversiones del Departamento para todas las entidades que conforman el presupuesto general y realizar su seguimiento y evaluación.
 - Elaborar, en coordinación con la Secretaría de Hacienda, el Plan Financiero del Departamento, previo concepto del CONFISCUN.
 - Establecer los lineamientos para la ejecución, control y seguimiento de los recursos de inversión del Departamento.
 - Promover el desarrollo integral del territorio a través del planeamiento físico, socioeconómico, administrativo y financiero, y articular los procesos de planificación nacional, departamental y regional.
 - Asesorar y coordinar a las distintas dependencias y entidades departamentales en la elaboración de los planes sectoriales, planes indicativos, planes de acción y demás instrumentos de planificación, acorde con los lineamientos nacionales y el Plan Departamental de Desarrollo.
 - Coordinar y articular con la Nación el desarrollo de políticas e inversiones nacionales de carácter sectorial en el territorio departamental.
 - Elaborar y coordinar los estudios e investigaciones socioeconómicas que contribuyan a diseñar y adoptar los lineamientos de política del Departamento en diferentes áreas.
 - Dirigir y coordinar la formulación y evaluación de los proyectos y documentos de política económica y social del departamento de Cundinamarca, en coordinación con las diferentes dependencias del Sector Central.
 - Orientar y coordinar la formulación y ejecución de proyectos de las entidades, organismos y dependencias del Departamento y de sus municipios.
 - Evaluar y efectuar el seguimiento a la ejecución de los recursos del Sistema General de Participaciones en el Departamento y sus municipios.
 - Estudiar, evaluar y dar el visto bueno a los proyectos de inversión presentados por las diferentes dependencias, entidades y municipios del Departamento, de conformidad con las normas vigentes, las metodologías de proyectos, las directrices de las entidades nacionales competentes y el Plan Departamental de Desarrollo.
 - Evaluar y efectuar el seguimiento a la ejecución de los recursos del Sistema General de Regalías.
 - Promover y orientar, en coordinación con la Secretaría de Transformación Digital, la adopción de sistemas de información como herramientas de soporte para la formulación, adopción, seguimiento y evaluación de políticas, programas y proyectos de planificación.
 - Emitir conceptos técnicos y de viabilidad de proyectos y de ejecución de gastos de inversión y del Sistema General de Regalías de acuerdo con las normas departamentales y nacionales vigentes.
 - Difundir el Plan Departamental de Desarrollo, los resultados de la gestión departamental y las evaluaciones de impacto de las políticas públicas.
 - Ejercer las funciones de apoyo administrativo y logístico al Consejo Territorial de Planeación, Comisión Regional de Ordenamiento Territorial, Consejos Consultivos y de los órganos colegiados de administración y decisión del Sistema General de Regalías.
 - Elaborar los estudios y propuestas requeridos por la Asamblea Departamental y demás instancias definidas por la Constitución y la ley para la segregación o agregación de territorios municipales, provincias y regiones.
 - Supervisar la ejecución del plan financiero y recomendar medidas para su eficiente manejo y uso de los recursos de inversión.
 - Realizar la contratación, con cargo a los recursos PDA, de los bienes y servicios necesarios para el funcionamiento del Mecanismo Departamental de Viabilización de Proyectos del Sector de Agua Potable y Saneamiento Básico, en cumplimiento de la normatividad vigente sobre la materia.
 - Coordinar en el Departamento la agenda interna común y metodológica de los procesos e instancias de integración regional.
 - Liderar y articular los procesos de integración del Departamento con otras entidades territoriales.
 - Asesorar en las diferentes instancias de carácter regional.
 - Liderar el Proceso de Asistencia Técnica de la Gobernación de Cundinamarca.